Det er helt ok at have det begge steder.
Jeg vil gætte på at med den nye udgave sender php automatisk en http header, som siger det er utf8. UTF8 er unicode, og er det mest benyttede tegnsæt i dag på nettet.
Med dit kode overstyrer du og fortæller selv hvad du vil have i Content-Type til at være i http headren.
<?php header('Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1'); ?>
Dette fortæller php til at indsætte Content-Type i http header som sendes fra serveren.
Dette er faktisk ikke noget som sættes i dokumentet, men information som kommer med i http kaldet. Det er en del af http protokollen, at en server skal fortælle hvad der bliver sendt.
Meta tagget, er derimod en del af siden/dokumentet. Nogle browsere kigger kun på headeren, andre kigger også i dokumentet efter tegnsættet.
Behold begge dele, og så vil det virke i flest browsere.