---

Hej


Jeg forsøger mig med at få programmet R til at snakke sammen med en
mysql database med pakken:
http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/Descriptions/RMySQL.html

Jeg køre det hele på en CentOS 4.4 med version 4.0.20 eller hvad nu
den hedder af mysql (sidste nye version der er på yum)

Kan fint installere pakkerne til R, men når jeg prøver at anvende
dem, går det ikke godt :( Får følgende fejl:

> library(RMySQL)

Loading required package: DBI

> mycon <- dbConnect(MySQL(), user='test', dbname="vejr",
> host="localhost", password='test')

*** caught segfault ***
address 0x53, cause 'memory not mapped'

Traceback:
1: .Call("RS_MySQL_newConnection", drvId, con.params, groups,
default.file, PACKAGE = .MySQLPkgName)
2: mysqlNewConnection(drv, ...)
3: .class1(object)
4: .class1(object)
5: is(object, Cl)
6: .valueClassTest(standardGeneric("dbConnect"), "DBIConnection",
"dbConnect")
7: dbConnect(MySQL(), user = "test", dbname = "vejr", host =
"localhost", password = "test")

Possible actions:
1: abort (with core dump)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:


Nogle bud på hvad der kan være galt??

Mvh
Jesper Vels

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Hej
>
>
> Jeg forsøger mig med at få programmet R til at snakke sammen med en
> mysql database med pakken:
> http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/Descriptions/RMySQL.html
>
> Jeg køre det hele på en CentOS 4.4 med version 4.0.20 eller hvad nu
> den hedder af mysql (sidste nye version der er på yum)
>
> Kan fint installere pakkerne til R, men når jeg prøver at anvende
> dem, går det ikke godt :( Får følgende fejl:
>
> > library(RMySQL)
>
> Loading required package: DBI
>
> > mycon <- dbConnect(MySQL(), user='test', dbname="vejr",
> > host="localhost", password='test')
>
> *** caught segfault ***
> address 0x53, cause 'memory not mapped'
>
> Traceback:
> 1: .Call("RS_MySQL_newConnection", drvId, con.params, groups,
> default.file, PACKAGE = .MySQLPkgName)
> 2: mysqlNewConnection(drv, ...)
> 3: .class1(object)
> 4: .class1(object)
> 5: is(object, Cl)
> 6: .valueClassTest(standardGeneric("dbConnect"), "DBIConnection",
> "dbConnect")
> 7: dbConnect(MySQL(), user = "test", dbname = "vejr", host =
> "localhost", password = "test")
>
> Possible actions:
> 1: abort (with core dump)
> 2: normal R exit
> 3: exit R without saving workspace
> 4: exit R saving workspace
> Selection:
>
>
> Nogle bud på hvad der kan være galt??

Det er en ret generisk meddelelse - en segmentation fault når den
prøver at åbne forbindelsen til serveren. Det bør ikke ske, men det
gør den slags jo alligevel. Hvis/når du er sikker på at det ikke er
dit eget problem så bør du kontakte maintaineren af RMySQL (og måske
DBI), men først bør du checke at du har alle komponenter i nyeste
version.

Evt. kan du sætte debug på (R -d gdb) og se helt præcis hvor det går
galt.

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Hej

Jeg prøvede at starte med:

R -d gdb

og fyre det samme af i R, så får jeg:

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
(gdb)

Mvh
Jesper Vels
Peter Dalgaard skrev:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Hej
> >
> >
> > Jeg forsøger mig med at få programmet R til at snakke sammen med en
> > mysql database med pakken:
> > http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/Descriptions/RMySQL.html
> >
> > Jeg køre det hele på en CentOS 4.4 med version 4.0.20 eller hvad nu
> > den hedder af mysql (sidste nye version der er på yum)
> >
> > Kan fint installere pakkerne til R, men når jeg prøver at anvende
> > dem, går det ikke godt :( Får følgende fejl:
> >
> > > library(RMySQL)
> >
> > Loading required package: DBI
> >
> > > mycon <- dbConnect(MySQL(), user='test', dbname="vejr",
> > > host="localhost", password='test')
> >
> > *** caught segfault ***
> > address 0x53, cause 'memory not mapped'
> >
> > Traceback:
> > 1: .Call("RS_MySQL_newConnection", drvId, con.params, groups,
> > default.file, PACKAGE = .MySQLPkgName)
> > 2: mysqlNewConnection(drv, ...)
> > 3: .class1(object)
> > 4: .class1(object)
> > 5: is(object, Cl)
> > 6: .valueClassTest(standardGeneric("dbConnect"), "DBIConnection",
> > "dbConnect")
> > 7: dbConnect(MySQL(), user = "test", dbname = "vejr", host =
> > "localhost", password = "test")
> >
> > Possible actions:
> > 1: abort (with core dump)
> > 2: normal R exit
> > 3: exit R without saving workspace
> > 4: exit R saving workspace
> > Selection:
> >
> >
> > Nogle bud på hvad der kan være galt??
>
> Det er en ret generisk meddelelse - en segmentation fault når den
> prøver at åbne forbindelsen til serveren. Det bør ikke ske, men det
> gør den slags jo alligevel. Hvis/når du er sikker på at det ikke er
> dit eget problem så bør du kontakte maintaineren af RMySQL (og måske
> DBI), men først bør du checke at du har alle komponenter i nyeste
> version.
>
> Evt. kan du sætte debug på (R -d gdb) og se helt præcis hvor det går
> galt.
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> Hej
>
> Jeg prøvede at starte med:
>
> R -d gdb
>
> og fyre det samme af i R, så får jeg:
>
> Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> (gdb)

Som så tyder på at programmøren smider illegal input ind til strlen
hvilket den kaster op over

Thomas
--

---

"Thomas S. Iversen" <zensonic@zensonic.dk> writes:

> Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > Hej
> >
> > Jeg prøvede at starte med:
> >
> > R -d gdb
> >
> > og fyre det samme af i R, så får jeg:
> >
> > Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> > 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > (gdb)
>
> Som så tyder på at programmøren smider illegal input ind til strlen
> hvilket den kaster op over

Ja, enten manglende \0 terminering, eller en helt ulovlig adresse. Men
prøv lige at give en "bt" til gdb så vi kan se hvor det stammer fra.

Du "glemte" i øvrigt at fortælle os hvilke versioner af R, RMySQL, og
DBI du kører med....

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Hej

(gdb) up
#1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
(gdb) up
#2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
(gdb) up
#3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
(gdb) up
#4 0x00166174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9ea32a0,
con_params=0x9e9f470,
MySQLgroups=0x9cf629c, s_mysql_default_file=0x9cf5ffc) at
RS-MySQL.c:313
313 RS-MySQL.c: No such file or directory.
in RS-MySQL.c
(gdb) p user
$2 = 0x96db208 "root"
(gdb) p host
$3 = 0x9d72790 "localhost"
(gdb) p dbname
$4 = 0x96db1c8 "vejr"
(gdb) p my_connection
$5 = (MYSQL *) 0x0
(gdb) p mysql_error(my_connection))
Junk after end of expression.
(gdb)


Så skulle det spille :)

Mvh
Jesper Vels


Peter Dalgaard skrev:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Sådan her:
> >
> > Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> > 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > (gdb) p user
> > No symbol "user" in current context.
> > (gdb) p host
> > $1 = 0
> > (gdb) p dbname
> > No symbol "dbname" in current context.
> > (gdb) p my_connection
> > No symbol "my_connection" in current context.
> > (gdb) p mysql_error(my_connection))
> > No symbol "my_connection" in current context.
> > (gdb)
>
> Du glemte nogen gange "up" først...
>
> >
> >
> > Mvh
> > Jesper Vels
> >
> > Peter Dalgaard skrev:
> > > "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
> > >
> > > > Hej
> > > >
> > > > Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.
> > >
> > > Det var det her: Kør indtil crash og (gdb) prompt, derefter
> > >
> > > up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
> > > p user
> > > p host
> > > p dbname
> > > p my_connection
> > > p mysql_error(my_connection))
> > >
> > > > Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
> > > > fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he
> > >
> > > Det var jo sådan set det den prøvede: my_connection burde indeholde en
> > > fejlkode, som den slår op via mysql_error() og skriver ud. Men noget
> > > går galt.
> > >
> > >
> > > --
> > > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> > > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> > > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> > > ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907
> >
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Hej
>
> (gdb) up
> #1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> (gdb) up
> #2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> (gdb) up
> #3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> (gdb) up
> #4 0x00166174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9ea32a0,
> con_params=0x9e9f470,
> MySQLgroups=0x9cf629c, s_mysql_default_file=0x9cf5ffc) at
> RS-MySQL.c:313
> 313 RS-MySQL.c: No such file or directory.
> in RS-MySQL.c
> (gdb) p user
> $2 = 0x96db208 "root"
> (gdb) p host
> $3 = 0x9d72790 "localhost"
> (gdb) p dbname
> $4 = 0x96db1c8 "vejr"
> (gdb) p my_connection
> $5 = (MYSQL *) 0x0
> (gdb) p mysql_error(my_connection))
> Junk after end of expression.
> (gdb)
>
>
> SÃ¥ skulle det spille :)

Næsten. der var lige en ')' for meget i den sidste. Menøh,
my_connection er jo NULL, ellers kommer man slet ikke til linje 313.

my_connection =
mysql_real_connect(my_connection, host, user, passwd, dbname,
port, unix_socket, client_flags);
if(!my_connection){
char buf[2048];
sprintf(buf, "could not connect %s@%s on dbname \"%s\"\nError:%s\n",
user, host, dbname, mysql_error(my_connection));
RS_DBI_errorMessage(buf, RS_DBI_ERROR);
}

Jeg gætter på at det ikke er en god ide at bruge my_connection i
kaldet til mysql_real_connect() og til at gemme resultatet.


> Mvh
> Jesper Vels
>
>
> Peter Dalgaard skrev:
> > "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
> >
> > > SÃ¥dan her:
> > >
> > > Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> > > 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > > (gdb) p user
> > > No symbol "user" in current context.
> > > (gdb) p host
> > > $1 = 0
> > > (gdb) p dbname
> > > No symbol "dbname" in current context.
> > > (gdb) p my_connection
> > > No symbol "my_connection" in current context.
> > > (gdb) p mysql_error(my_connection))
> > > No symbol "my_connection" in current context.
> > > (gdb)
> >
> > Du glemte nogen gange "up" først...
> >
> > >
> > >
> > > Mvh
> > > Jesper Vels
> > >
> > > Peter Dalgaard skrev:
> > > > "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
> > > >
> > > > > Hej
> > > > >
> > > > > Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.
> > > >
> > > > Det var det her: Kør indtil crash og (gdb) prompt, derefter
> > > >
> > > > up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
> > > > p user
> > > > p host
> > > > p dbname
> > > > p my_connection
> > > > p mysql_error(my_connection))
> > > >
> > > > > Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
> > > > > fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he
> > > >
> > > > Det var jo sådan set det den prøvede: my_connection burde indeholde en
> > > > fejlkode, som den slår op via mysql_error() og skriver ud. Men noget
> > > > går galt.
> > > >
> > > >
> > > > --
> > > > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> > > > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> > > > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> > > > ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907
> > >
> >
> > --
> > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> > ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907
>

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Peter Dalgaard <p.dalgaard@biostat.ku.dk> writes:

> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Hej
> >
> > (gdb) up
> > #1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > (gdb) up
> > #2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > (gdb) up
> > #3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > (gdb) up
> > #4 0x00166174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9ea32a0,
> > con_params=0x9e9f470,
> > MySQLgroups=0x9cf629c, s_mysql_default_file=0x9cf5ffc) at
> > RS-MySQL.c:313
> > 313 RS-MySQL.c: No such file or directory.
> > in RS-MySQL.c
> > (gdb) p user
> > $2 = 0x96db208 "root"
> > (gdb) p host
> > $3 = 0x9d72790 "localhost"
> > (gdb) p dbname
> > $4 = 0x96db1c8 "vejr"
> > (gdb) p my_connection
> > $5 = (MYSQL *) 0x0
> > (gdb) p mysql_error(my_connection))
> > Junk after end of expression.
> > (gdb)
> >
> >
> > SÃ¥ skulle det spille :)
>
> Næsten. der var lige en ')' for meget i den sidste. Menøh,
> my_connection er jo NULL, ellers kommer man slet ikke til linje 313.
>
> my_connection =
> mysql_real_connect(my_connection, host, user, passwd, dbname,
> port, unix_socket, client_flags);
> if(!my_connection){
> char buf[2048];
> sprintf(buf, "could not connect %s@%s on dbname \"%s\"\nError:%s\n",
> user, host, dbname, mysql_error(my_connection));
> RS_DBI_errorMessage(buf, RS_DBI_ERROR);
> }
>
> Jeg gætter på at det ikke er en god ide at bruge my_connection i
> kaldet til mysql_real_connect() og til at gemme resultatet.

Hovsa. Der smuttede lige et "både". Pointen var at my_connection
overskrives med NULL før man kan udtrække fejlen fra den.

Bug report er sendt.

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Den 28 Nov 2006 22:51:25 +0100 skrev Peter Dalgaard:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> if(!my_connection){
> sprintf( ... my_connection ... );

En programmør der har snorket?

Mvh
Kent
--
"So there I was surrounded by all these scary creatures
They were even scarier than what Microsoft call features"
- C64Mafia: Forbidden Forest (Don't Go Walking Slow).

---

Kent Friis <nospam@nospam.invalid> writes:

> Den 28 Nov 2006 22:51:25 +0100 skrev Peter Dalgaard:
> > "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
> >
> > if(!my_connection){
> > sprintf( ... my_connection ... );
>
> En programmør der har snorket?

Ja, det er det jo gerne...

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Kent Friis <nospam@nospam.invalid> skrev 2006-11-28:
> Den 28 Nov 2006 22:51:25 +0100 skrev Peter Dalgaard:
>> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>>
>> if(!my_connection){
>> sprintf( ... my_connection ... );
>
> En programmør der har snorket?

Det er dem vel undt!

Thomas
--

---

Den 29 Nov 2006 06:21:24 GMT skrev Thomas S. Iversen:
> Kent Friis <nospam@nospam.invalid> skrev 2006-11-28:
>> Den 28 Nov 2006 22:51:25 +0100 skrev Peter Dalgaard:
>>> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>>>
>>> if(!my_connection){
>>> sprintf( ... my_connection ... );
>>
>> En programmør der har snorket?
>
> Det er dem vel undt!

De kunne måske flytte tastaturet væk inden de lægger sig til at sove?


Mvh
Kent
--
"So there I was surrounded by all these scary creatures
They were even scarier than what Microsoft call features"
- C64Mafia: Forbidden Forest (Don't Go Walking Slow).

---

>>>> if(!my_connection){
>>>> sprintf( ... my_connection ... );
>>>
>>> En programmør der har snorket?
>>
>> Det er dem vel undt!
>
> De kunne måske flytte tastaturet væk inden de lægger sig til at sove?
>

Touché

Thomas
--

---

Sådan her:

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
(gdb) p user
No symbol "user" in current context.
(gdb) p host
$1 = 0
(gdb) p dbname
No symbol "dbname" in current context.
(gdb) p my_connection
No symbol "my_connection" in current context.
(gdb) p mysql_error(my_connection))
No symbol "my_connection" in current context.
(gdb)



Mvh
Jesper Vels

Peter Dalgaard skrev:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Hej
> >
> > Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.
>
> Det var det her: Kør indtil crash og (gdb) prompt, derefter
>
> up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
> p user
> p host
> p dbname
> p my_connection
> p mysql_error(my_connection))
>
> > Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
> > fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he
>
> Det var jo sådan set det den prøvede: my_connection burde indeholde en
> fejlkode, som den slår op via mysql_error() og skriver ud. Men noget
> går galt.
>
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> SÃ¥dan her:
>
> Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> (gdb) p user
> No symbol "user" in current context.
> (gdb) p host
> $1 = 0
> (gdb) p dbname
> No symbol "dbname" in current context.
> (gdb) p my_connection
> No symbol "my_connection" in current context.
> (gdb) p mysql_error(my_connection))
> No symbol "my_connection" in current context.
> (gdb)

Du glemte nogen gange "up" først...

>
>
> Mvh
> Jesper Vels
>
> Peter Dalgaard skrev:
> > "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
> >
> > > Hej
> > >
> > > Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.
> >
> > Det var det her: Kør indtil crash og (gdb) prompt, derefter
> >
> > up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
> > p user
> > p host
> > p dbname
> > p my_connection
> > p mysql_error(my_connection))
> >
> > > Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
> > > fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he
> >
> > Det var jo sådan set det den prøvede: my_connection burde indeholde en
> > fejlkode, som den slår op via mysql_error() og skriver ud. Men noget
> > går galt.
> >
> >
> > --
> > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> > ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907
>

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

R version 2.4.0 (2006-10-03)
RmySQL: 0.5-10
DBI:    0.1-11
Centos 4.4
Mysql: 4.1.20

Mvh
Jesper Vels


Peter Dalgaard skrev:
> "Thomas S. Iversen" <zensonic@zensonic.dk> writes:
>
> > Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > > Hej
> > >
> > > Jeg prøvede at starte med:
> > >
> > > R -d gdb
> > >
> > > og fyre det samme af i R, så får jeg:
> > >
> > > Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> > > 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > > (gdb)
> >
> > Som så tyder på at programmøren smider illegal input ind til strlen
> > hvilket den kaster op over
>
> Ja, enten manglende \0 terminering, eller en helt ulovlig adresse. Men
> prøv lige at give en "bt" til gdb så vi kan se hvor det stammer fra.
>
> Du "glemte" i øvrigt at fortælle os hvilke versioner af R, RMySQL, og
> DBI du kører med....
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> R version 2.4.0 (2006-10-03)
> RmySQL: 0.5-10
> DBI:    0.1-11
> Centos 4.4
> Mysql: 4.1.20

Det ser jo OK ud. Har du oversat R fra bunden af eller brugt en RPM?

> Mvh
> Jesper Vels
>
>
> Peter Dalgaard skrev:
> > "Thomas S. Iversen" <zensonic@zensonic.dk> writes:
> >
> > > Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > > > Hej
> > > >
> > > > Jeg prøvede at starte med:
> > > >
> > > > R -d gdb
> > > >
> > > > og fyre det samme af i R, så får jeg:
> > > >
> > > > Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
> > > > 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > > > (gdb)
> > >
> > > Som så tyder på at programmøren smider illegal input ind til strlen
> > > hvilket den kaster op over
> >
> > Ja, enten manglende \0 terminering, eller en helt ulovlig adresse. Men
> > prøv lige at give en "bt" til gdb så vi kan se hvor det stammer fra.
> >
> > Du "glemte" i øvrigt at fortælle os hvilke versioner af R, RMySQL, og
> > DBI du kører med....
> >
> > --
> > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> > ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907
>

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Peter Dalgaard skrev:


>
> Ja, enten manglende \0 terminering, eller en helt ulovlig adresse. Men
> prøv lige at give en "bt" til gdb så vi kan se hvor det stammer fra.

Hvad er bt? og hvordan skal jeg smide den (syntax)?

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Peter Dalgaard skrev:
>
>
> >
> > Ja, enten manglende \0 terminering, eller en helt ulovlig adresse. Men
> > prøv lige at give en "bt" til gdb så vi kan se hvor det stammer fra.
>
> Hvad er bt? og hvordan skal jeg smide den (syntax)?

bt=backtrace, fx sådan her:


>
Program received signal SIGINT, Interrupt.
0x00000037a6ac6b93 in __select_nocancel () from /lib64/libc.so.6
(gdb) bt
#0 0x00000037a6ac6b93 in __select_nocancel () from /lib64/libc.so.6
#1 0x00000037a77be60a in R_SelectEx () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#2 0x00000037a77be793 in R_checkActivityEx () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#3 0x00000037a77befc2 in R_checkActivity () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#4 0x00000037a76d00a9 in Rf_ReplIteration () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#5 0x00000037a76d01b0 in Rf_ReplIteration () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#6 0x00000037a76d04e0 in run_Rmainloop () from /usr/lib64/R/lib/libR.so
#7 0x00000000004007ed in main ()
(gdb)


Forresten, vi har set nogen af disse fejl i forb.m. multibyte tegnsæt
(utf-8). Prøv lige med

LC_ALL=C R

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Hej

Jeg har hentet disse R pakker:
http://mirrors.dotsrc.org/cran/bin/linux/redhat/el4/i386/

Her er mysql pakkerne som kommer her fra:
http://mirror.centos.org/centos/4/os/i386/CentOS/RPMS/

Installeret via yum
mysql-devel.i386 4.1.20-1.RHEL4.1
installed
mysql.i386 4.1.20-1.RHEL4.1
installed
mysql-server.i386 4.1.20-1.RHEL4.1
installed
mysqlclient10-devel.i386 3.23.58-4.RHEL4.1
installed
mysqlclient10.i386 3.23.58-4.RHEL4.1
installed

For jeg har vel sådan set de rigtig mysql pakker så vidt jeg kan se.

Har prøve at starte R op med: LC_ALL=C R
Men giver samme fejl :(

Jeg er ikke helt med på hvordan jeg skal starte med R op med
"bt=backtrace" og "gdb"?

Mvh
Jesper Vels

---

> Jeg er ikke helt med på hvordan jeg skal starte med R op med
> "bt=backtrace" og "gdb"?

Du starter det op med gdb som du gjorde før og så skriver du bt i
gdb's prompt når applikatioenn segfaulter.

Thomas
--

---

Hej

Her er resultatet fra det:
http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt

Mvh
Jesper vels


Thomas S. Iversen skrev:
> > Jeg er ikke helt med på hvordan jeg skal starte med R op med
> > "bt=backtrace" og "gdb"?
>
> Du starter det op med gdb som du gjorde før og så skriver du bt i
> gdb's prompt når applikatioenn segfaulter.
>
> Thomas
> --

---

Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> Hej
>
> Her er resultatet fra det:
> http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt

#0 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
#1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
#2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
#3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
#4 0x00f0a174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9a602a0,
con_params=0x9a5c470, MySQLgroups=0x98b329c,
s_mysql_default_file=0x98b2ffc) at RS-MySQL.c:313

I RS-MySQL.c linie 313 bliver der forsøgt at skrive noget ud. Dette
"noget" forårsager et par kald senere en segfault.

Hvad sker der i linie 313? Hvorfor kommer der problematisk input ind i
til kaldet i den linie?

Thomas
--

---

Hej

Underligt når jeg køre:
locate RS-MySQL.c

Giver den igen resultat?
Har kørt updatedb inden

Mvh
Jesper Vels

Thomas S. Iversen skrev:
> Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > Hej
> >
> > Her er resultatet fra det:
> > http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt
>
> #0 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> #1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> #2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> #3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> #4 0x00f0a174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9a602a0,
> con_params=0x9a5c470, MySQLgroups=0x98b329c,
> s_mysql_default_file=0x98b2ffc) at RS-MySQL.c:313
>
> I RS-MySQL.c linie 313 bliver der forsøgt at skrive noget ud. Dette
> "noget" forårsager et par kald senere en segfault.
>
> Hvad sker der i linie 313? Hvorfor kommer der problematisk input ind i
> til kaldet i den linie?
>
> Thomas
> --

---

Den 27 Nov 2006 12:49:31 -0800 skrev Jesper Vels:
> Hej
>
> Underligt når jeg køre:
> locate RS-MySQL.c
>
> Giver den igen resultat?

Sagde du ikke du havde installeret fra RPM? I så fald ligger *.c
filerne i den tilhørende SRPM fil.

Mvh
Kent
--
"So there I was surrounded by all these scary creatures
They were even scarier than what Microsoft call features"
- C64Mafia: Forbidden Forest (Don't Go Walking Slow).

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Hej
>
> Underligt når jeg køre:
> locate RS-MySQL.c
>
> Giver den igen resultat?
> Har kørt updatedb inden

Det er fordi pakkesystemet henter kildeteksten, og derefter
oversætter, installerer og SLETTER den. Det nemmeste er at hente
kildeteksten separat og pakke den ud
(http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/RMySQL_0.5-10.tar.gz)

Koden ser sådan her ud:

my_connection =
mysql_real_connect(my_connection, host, user, passwd, dbname,
port, unix_socket, client_flags);
if(!my_connection){
char buf[2048];
sprintf(buf, "could not connect %s@%s on dbname \"%s\"\nError:%s\n",
user, host, dbname, mysql_error(my_connection));
RS_DBI_errorMessage(buf, RS_DBI_ERROR);
}

så den crasher i et forsøg på at fortælle dig at det ikke ville virke
alligevel. Det giver et rimeligt bud på en workaround: Fjern årsagen
til at det du forsøgte ikke dur!

Den konkrete anledning er nok at de fire %s'er tilsammen gør buf mere
end 2047 tegn lang.

Det er muligt at C optimizeren har gjort det umuligt at udrede sagen
mere meningsfuldt, men prøv evt (hvis min gdb-hukommelse virker)

up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
p user
p host
p dbname
p my_connection
p mysql_error(my_connection))


> Mvh
> Jesper Vels
>
> Thomas S. Iversen skrev:
> > Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > > Hej
> > >
> > > Her er resultatet fra det:
> > > http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt
> >
> > #0 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > #1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > #2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > #3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > #4 0x00f0a174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9a602a0,
> > con_params=0x9a5c470, MySQLgroups=0x98b329c,
> > s_mysql_default_file=0x98b2ffc) at RS-MySQL.c:313
> >
> > I RS-MySQL.c linie 313 bliver der forsøgt at skrive noget ud. Dette
> > "noget" forårsager et par kald senere en segfault.
> >
> > Hvad sker der i linie 313? Hvorfor kommer der problematisk input ind i
> > til kaldet i den linie?
> >
> > Thomas
> > --
>

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Hej

For læse venligheden har jeg smidt det dump her:
http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt

Mvh
Jesper Vels


Thomas S. Iversen skrev:
> > Jeg er ikke helt med på hvordan jeg skal starte med R op med
> > "bt=backtrace" og "gdb"?
>
> Du starter det op med gdb som du gjorde før og så skriver du bt i
> gdb's prompt når applikatioenn segfaulter.
>
> Thomas
> --

---

Hej

Jeg er ikke helt med på hvad jeg skal prøve?

Kan det være noget med at Centos på en eller anden måde er en
smugler forskellige fra Redhad el4?

Mvh
Jesper Vels

Peter Dalgaard skrev:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Hej
> >
> > Underligt når jeg køre:
> > locate RS-MySQL.c
> >
> > Giver den igen resultat?
> > Har kørt updatedb inden
>
> Det er fordi pakkesystemet henter kildeteksten, og derefter
> oversætter, installerer og SLETTER den. Det nemmeste er at hente
> kildeteksten separat og pakke den ud
> (http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/RMySQL_0.5-10.tar.gz)
>
> Koden ser sådan her ud:
>
> my_connection =
> mysql_real_connect(my_connection, host, user, passwd, dbname,
> port, unix_socket, client_flags);
> if(!my_connection){
> char buf[2048];
> sprintf(buf, "could not connect %s@%s on dbname \"%s\"\nError:%s\n",
> user, host, dbname, mysql_error(my_connection));
> RS_DBI_errorMessage(buf, RS_DBI_ERROR);
> }
>
> så den crasher i et forsøg på at fortælle dig at det ikke ville virke
> alligevel. Det giver et rimeligt bud på en workaround: Fjern årsagen
> til at det du forsøgte ikke dur!
>
> Den konkrete anledning er nok at de fire %s'er tilsammen gør buf mere
> end 2047 tegn lang.
>
> Det er muligt at C optimizeren har gjort det umuligt at udrede sagen
> mere meningsfuldt, men prøv evt (hvis min gdb-hukommelse virker)
>
> up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
> p user
> p host
> p dbname
> p my_connection
> p mysql_error(my_connection))
>
>
> > Mvh
> > Jesper Vels
> >
> > Thomas S. Iversen skrev:
> > > Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-27:
> > > > Hej
> > > >
> > > > Her er resultatet fra det:
> > > > http://hornsmarken.dk/vejr/bug.txt
> > >
> > > #0 0x002612bb in strlen () from /lib/tls/libc.so.6
> > > #1 0x00235225 in vfprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > > #2 0x0024d41b in vsprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > > #3 0x0023a65b in sprintf () from /lib/tls/libc.so.6
> > > #4 0x00f0a174 in RS_MySQL_newConnection (mgrHandle=0x9a602a0,
> > > con_params=0x9a5c470, MySQLgroups=0x98b329c,
> > > s_mysql_default_file=0x98b2ffc) at RS-MySQL.c:313
> > >
> > > I RS-MySQL.c linie 313 bliver der forsøgt at skrive noget ud. Dette
> > > "noget" forårsager et par kald senere en segfault.
> > >
> > > Hvad sker der i linie 313? Hvorfor kommer der problematisk input ind i
> > > til kaldet i den linie?
> > >
> > > Thomas
> > > --
> >
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-28:
> Hej
>
> Jeg er ikke helt med på hvad jeg skal prøve?
>
> Kan det være noget med at Centos på en eller anden måde er en
> smugler forskellige fra Redhad el4?

Den dør når den skal fortælle dig at der ikke kan skabes kontakt til
mysql.

Så _jeg_ ville se om jeg kunne snakke med mysql via de input du giver
den.

Thomas
--

---

Hej

I sender bare lige et TÆSKEhold forbi mig he..

Det her er mega pinligt!!!

Når jeg logger ind til mysql via phpmyadmin, bruger jeg root og et
password som er = med til mit server panel pass... men koden er kun til
selve websiden ehhh troede root havde password... men det havde den
ikke... nu virker det.

Stor fejl fra min side. Beklager virkeligt meget.

Mvh
Jesper Vels

Thomas S. Iversen skrev:
> Jesper Vels <jespervels@gmail.com> skrev 2006-11-28:
> > Hej
> >
> > Jeg er ikke helt med på hvad jeg skal prøve?
> >
> > Kan det være noget med at Centos på en eller anden måde er en
> > smugler forskellige fra Redhad el4?
>
> Den dør når den skal fortælle dig at der ikke kan skabes kontakt til
> mysql.
>
> Så _jeg_ ville se om jeg kunne snakke med mysql via de input du giver
> den.
>
> Thomas
> --

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Hej
>
> I sender bare lige et TÆSKEhold forbi mig he..

Jeg skal sende David James næste gang jeg ser ham. Så kan du s'gu lære det!

http://cm.bell-labs.com/who/dj/picture.jpg
http://www.ci.tuwien.ac.at/Conferences/DSC-2001/Photos/WiedenBraeu/wb6.jpg

> Det her er mega pinligt!!!
>
> NÃ¥r jeg logger ind til mysql via phpmyadmin, bruger jeg root og et
> password som er = med til mit server panel pass... men koden er kun til
> selve websiden ehhh troede root havde password... men det havde den
> ikke... nu virker det.
>
> Stor fejl fra min side. Beklager virkeligt meget.

Jamen, nu du har dårlig samvittighed, kunne vi så ikke få dig til at
lave lidt mere detektivarbejde på den der segfault? Jeg postede nogle
instrukser med gdb kommandoer....

--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

Hej

Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.

Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he

Mvh
Jesper Vels

Peter Dalgaard skrev:
> "Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:
>
> > Hej
> >
> > I sender bare lige et TÆSKEhold forbi mig he..
>
> Jeg skal sende David James næste gang jeg ser ham. Så kan du s'gu lære det!
>
> http://cm.bell-labs.com/who/dj/picture.jpg
> http://www.ci.tuwien.ac.at/Conferences/DSC-2001/Photos/WiedenBraeu/wb6.jpg
>
> > Det her er mega pinligt!!!
> >
> > Når jeg logger ind til mysql via phpmyadmin, bruger jeg root og et
> > password som er = med til mit server panel pass... men koden er kun til
> > selve websiden ehhh troede root havde password... men det havde den
> > ikke... nu virker det.
> >
> > Stor fejl fra min side. Beklager virkeligt meget.
>
> Jamen, nu du har dårlig samvittighed, kunne vi så ikke få dig til at
> lave lidt mere detektivarbejde på den der segfault? Jeg postede nogle
> instrukser med gdb kommandoer....
>
> --
> O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
> c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
> (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
> ~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

"Jesper Vels" <jespervels@gmail.com> writes:

> Hej
>
> Jo hvis det er nemt nok så bare fyre løs.

Det var det her: Kør indtil crash og (gdb) prompt, derefter

up 4 gange indtil "in RS_MySQL_newConnection ..."
p user
p host
p dbname
p my_connection
p mysql_error(my_connection))

> Men en anden ting der lidt underligt.. hvorfor kan RMySQL ikke give en
> fejl man forstår... istedet for at smide sig på ryggen? he

Det var jo sådan set det den prøvede: my_connection burde indeholde en
fejlkode, som den slår op via mysql_error() og skriver ud. Men noget
går galt.


--
O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907