---

Kære alle
Jeg prøver at compile og installe et program til Linux ved navn Phred - det
går ikke så godt.

Jeg har installeret RH 7.0, jeg valgte standard installationen "
arbejdsstation". Jeg ved ikke om jeg kommer til at mangle noget ved denne
metode, men jeg valgte alle tre pakkegrupper.

pakket programmet ud med følgende komandoer:
% uncompress phred-dist-000925.c-acd.tar.Z
% tar xvf phred-dist-000925.c-acd.tar
Jeg går ud fra at når det virker, er der ikke nogle uudecoding problemer
(jeg gemte tar.z filen fra pagasus mail under windows til en diskette). Er
dette ikke rigtigt?

Jeg fik build'et programmet (hedder det ikke det) ved at skrive makefile så
jeg går ud fra at min C compiler virker.

Så står der følgende i installationsfilen:

Copy the phred parameter file, called 'phredpar.dat', to a
directory that is accessible by phred users and set the environment
variable 'PHRED_PARAMETER_FILE' to the full path name of the file.
For example, if you copy 'phredpar.dat' to '/usr/local/etc/PhredPar'
and you are using the C shell then issue the command

% setenv PHRED_PARAMETER_FILE /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

It is most convenient to set the environment variable in the system-
wide shell startup (cshrc or equivalent) file.


men min maskine forstår ikke kommandoen setenv. Er dette fordi jeg ikke
kører C shell (csh)? Og i givet fald, hvordan kommer jeg til det?

Makefile laver en eksekverbar fil ved navn phred; men når jeg skriver phred
i en konsol ( i phred biblioteket) kender den ikke kommandoen.

Hvad gør jeg forkert? Er det muligt at det hele kan ordnes ved at løse
setenv problemet.


MVH
Søren

---

"Søren Vang" <vang@mmf.au.dk> writes:

> Jeg fik build'et programmet (hedder det ikke det) ved at skrive makefile så
> jeg går ud fra at min C compiler virker.

Det gør det ikke. Det hedder "oversat" (eller "compilet" hvis man
ønsker at snakke dangelsk)

> % setenv PHRED_PARAMETER_FILE /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

Svare i fornuftige shell til
$ export PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

Enten udfør denne linje eller sæt den ind i en passende
opstartsfil (.bashrc måske).

> Makefile laver en eksekverbar fil ved navn phred; men når jeg skriver phred
> i en konsol ( i phred biblioteket) kender den ikke kommandoen.

Prøv med "./phred". Linux, og andre unixer, leder normalt som standard
ikke efter programmer i det katalog du står i, men kun i kataloger
nævt i din PATH.

--
GNU sutter vel i det hele taget på mange måder når man først er
holdt op med at falde i svime over at det er frit. Synd vi ikke
har andet... - Hanne Munkholm

---

Peter Makholm <peter@makholm.net> skrev i en
nyhedsmeddelelse:87d7cpjirm.fsf@hacking.dk...
> "Søren Vang" <vang@mmf.au.dk> writes:
>
> > Jeg fik build'et programmet (hedder det ikke det) ved at skrive makefile
så
> > jeg går ud fra at min C compiler virker.
>
> Det gør det ikke. Det hedder "oversat" (eller "compilet" hvis man
> ønsker at snakke dangelsk)
>
Eller bare "kompileret" Det lyder jo lidt pænere

--
mvh Jes Vestervang
ICQ#21146256 - DMCN#506 - http://the.subnet.dk
Mandrake 7.1 og Debian Potato 2.2

---

Jes Vestervang wrote:

> > Det gør det ikke. Det hedder "oversat" (eller "compilet" hvis man
> > ønsker at snakke dangelsk)
> >
> Eller bare "kompileret" Det lyder jo lidt pænere

Det lyder da afskyeligt!

--
Hroi Sigurdsson

---

Hroi Sigurdsson <hroi@asdf.dk> writes:

> Jes Vestervang wrote:
>
> > > Det gør det ikke. Det hedder "oversat" (eller "compilet" hvis man
> > > ønsker at snakke dangelsk)
> > >
> > Eller bare "kompileret" Det lyder jo lidt pænere
>
> Det lyder da afskyeligt!

Men det er ikke desto mindre en korrekt oversættelse af "compiled", i
den forstand at sådan var det før der var nogen der fandt på
computere. Man kan kompilere en artikelsamling for eksempel. Da jeg
var børn (dvs. på dat 0) lærte vi at det hed "oversætter", hvilket
vist egentlig er en eftertanke og ikke særlig praktisk fordi en
"translator" på engelsk oversætter mellem to højniveausprog a la f2c.

Ideen med "oversætter" skulle være at et maskininstruktionssæt også er
en slags sprog, hvor "kompilator" betyder at man stykker kodestumper
sammen svarende til højniveauelementer (beregninger, løkker,
funktionskald), hvilket er en oversimplifikation, rent bortset fra at
ordet lyder som om det var et haveredskab...

Så på nudansk hedder det vist en kompajler...

--
O__ ---- Peter Dalgaard Blegdamsvej 3
c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics 2200 Cph. N
(*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) 35327918
~~~~~~~~~~ - (p.dalgaard@biostat.ku.dk) FAX: (+45) 35327907

---

"Søren Vang" wrote:

> % setenv PHRED_PARAMETER_FILE /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
>
> It is most convenient to set the environment variable in the system-
> wide shell startup (cshrc or equivalent) file.
>
> men min maskine forstår ikke kommandoen setenv. Er dette fordi jeg ikke
> kører C shell (csh)? Og i givet fald, hvordan kommer jeg til det?

Du kan bare i bash skrive

export PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

>
> Makefile laver en eksekverbar fil ved navn phred; men når jeg skriver phred
> i en konsol ( i phred biblioteket) kender den ikke kommandoen.

Det gør du sikkert som root, den har ikke . i path'en. Kør det som
ikke-root
og lav en path til programmet. Måske er det også muligt som root at
skrive
"make install", så programmet bliver lagt et sted, hvor man normalt har
path til, fx /usr/local/bin.

Hvis du som root skal starte et program i default directory, skriver
man:

../phred

Mogens

--
Mogens Kjaer, Carlsberg Laboratory, Dept. of Chemistry
Gamle Carlsberg Vej 10, DK-2500 Valby, Denmark
Phone: +45 33 27 53 25, Fax: +45 33 27 47 08
Email: mk@crc.dk Homepage: http://www.crc.dk