|
| Empirisk formel, største enkeltmolekyle? Fra : Herluf Holdt, 3140 |
Dato : 26-03-02 12:44 |
|
I gamle dage (for 30 år siden) så jeg (i Abrahamsen/Pedersen: Biologi for 3.
real ca. 1964, 1. udgave) en empirisk formel på hæmoglobin, der fik de 3 små
grå til at rotere:
C2952 H4664 O812 N832 S18 Fe4
Der var også en endnu større formel på myoglobin, som blev fjernet i 2.
udgaven af bogen (den har nok været tvivlsom).
De følgende 30 år har jeg ikke kunnet finde store empiriske formler nogen
steder. I dag bruges desværre mest konstitutionsformler. Ved
røntgenkrystallografi har man åbenbart (iflg. SDE) efter 1949 fundet frem
til hæmoglobinets molekylstruktur. Var det den gang man fandt de store
empiriske formler?
Nu spørger jeg som den nysgerrige amatør: Er der fundet større
enkeltmolekyler? (de endeløse kædemolekyler interesserer mig ikke). Den
største empiriske formel på et mineral fra geologiens verden, jeg har set på
tryk er hornblende: (Ca,Na,K)2½(Mg,Fe,Al)5(Si,Al)8 O22(OH)2
Er der nogen større?
Mvh. Herluf Holdt.
| |
Claus Rasmussen (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Claus Rasmussen |
Dato : 26-03-02 13:08 |
|
Herluf Holdt, 3140 wrote:
> Nu spørger jeg som den nysgerrige amatør: ....................
Det gør jeg også: Hvad er "empiriske formler", og hvad er "konstitutions
formler" ?
-Claus
| |
Herluf Holdt, 3140 (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Herluf Holdt, 3140 |
Dato : 26-03-02 17:32 |
|
Afspor nu venligst ikke "tråden".
Empirisk formel fremgår ret tydeligt af eksemplerne mit indlæg. Det er det
du hører hver dag, når der siges CO2-forurening, H2O, o.s.v.
Altså grundstoffernes bogstaver, forsynet med små tal forneden, som angiver
antallet af atomer. (Kan desværre ikke gengives i "e-mail-typografi" af
mig).
Konstitutionsformel for f.eks. CO2
er det, at man skriver et stort C, og tegner to streger ud fra dette til
hvert sit O.
Mvh. Herluf Holdt.
| |
Claus Rasmussen (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Claus Rasmussen |
Dato : 26-03-02 17:44 |
|
Herluf Holdt, 3140 wrote:
> Afspor nu venligst ikke "tråden".
Det var skam oprigtigt ment. Jeg havde aldrig hørt begreberne brugt
før.
Men tak for svaret. Så forstod jeg det.
-Claus
| |
Claus Rasmussen (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Claus Rasmussen |
Dato : 26-03-02 17:54 |
|
"Herluf Holdt, 3140" <herluf@worldonline.dk> skrev i en meddelelse
news:Yu1o8.2174$iY5.43493@news010.worldonline.dk...
> Afspor nu venligst ikke "tråden".
> Empirisk formel fremgår ret tydeligt af eksemplerne mit indlæg. Det er det
> du hører hver dag, når der siges CO2-forurening, H2O, o.s.v.
> Altså grundstoffernes bogstaver, forsynet med små tal forneden, som
angiver
> antallet af atomer. (Kan desværre ikke gengives i "e-mail-typografi" af
> mig).
Er det nu også korrekt? Så vidt jeg er orienteret beskriver den empiriske
formel forholdet mellem grundstofferne i kemikaliet. Eksempelvis vil den
empiriske formel for glucose være CH2O i modsætning til strukturformlen
C6H12O6.
/Claus
| |
Regnar Simonsen (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Regnar Simonsen |
Dato : 26-03-02 18:12 |
|
Herluf Holdt skrev :
> Afspor nu venligst ikke "tråden".
> Empirisk formel fremgår ret tydeligt af eksemplerne mit indlæg. Det er det
> du hører hver dag, når der siges CO2-forurening, H2O, o.s.v.
> Altså grundstoffernes bogstaver, forsynet med små tal forneden, som
angiver
> antallet af atomer. (Kan desværre ikke gengives i "e-mail-typografi" af
> mig).
> Konstitutionsformel for f.eks. CO2
> er det, at man skriver et stort C, og tegner to streger ud fra dette til
> hvert sit O.
Jeg er ikke enig i din definition af formler .
En empirisk formel - også kaldet den støkiometriske formel angiver forholdet
mellem antallet af atomer.
F.eks. er den empiriske formel for hexen : CH2
Molekylformler angiver antallet af atomer - for hexen : C6H12
Strukturformler (eller konstitutionsformler) angiver hvilke atomer, der er
bundet sammen. Disse kan skrives mere komprimerede som "kondenserede
strukturformler" - f.eks. ethanol : CH3CH2OH
Konfigurationsformler angiver atomernes rumlige placering - anvendes f.eks.
i stereoisomeri (hvor man ved en Fischerprojektion kan aftegne formlen i 2
dimensioner)
Det du spørger efter er altså store molekylformler
Hilsen
Regnar Simonsen
| |
Morten Bjergstrøm (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Morten Bjergstrøm |
Dato : 26-03-02 19:42 |
|
"Herluf Holdt, 3140" <herluf@worldonline.dk> skrev:
> Empirisk formel fremgår ret tydeligt af eksemplerne mit indlæg.
Nej. Det du har angivet i dit indlæg er en bruttoformel.
> Det er det du hører hver dag, når der siges CO2-forurening, H2O,
> o.s.v. Altså grundstoffernes bogstaver, forsynet med små tal
> forneden, som angiver antallet af atomer.
Nej. En empirisk formel er en formelenhed, der skal ganges med en
konstant for at få molekyleformlen
> Konstitutionsformel for f.eks. CO2
> er det, at man skriver et stort C, og tegner to streger ud fra
> dette til hvert sit O.
Korrekt.
--
Mvh. Morten http://miljokemi.dk
Miljøtemaer: http://tema.miljokemi.dk
Miljøkemisk Forum: http://forum.miljokemi.dk
| |
Thomas Doktor (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Thomas Doktor |
Dato : 26-03-02 17:30 |
|
"Herluf Holdt, 3140" <herluf@worldonline.dk> wrote in message
news:OiZn8.1802$iY5.32444@news010.worldonline.dk...
> I gamle dage (for 30 år siden) så jeg (i Abrahamsen/Pedersen: Biologi for
3.
> real ca. 1964, 1. udgave) en empirisk formel på hæmoglobin, der fik de 3
små
> grå til at rotere:
> C2952 H4664 O812 N832 S18 Fe4
> Der var også en endnu større formel på myoglobin, som blev fjernet i 2.
> udgaven af bogen (den har nok været tvivlsom).
Det er nok ikke så mærkeligt. Hæmoglobin er sådan rundt regnet 4 gange
større end myoglobin!
Nu siger du, at du ikke er interesseret i endeløse kæder, men når du er på
udkig efter rigtig store molekyler kommer du ikke rigtig udenom dem.
Hæmoglobin er en polymer af aminosyrerester og som sådan blot en "endeløs"
kæde.
De største molekyler er selvfølgelig carbon-forbindelser såsom diamant og
enkelte grafit-lag.
I biologien vil jeg skyde på det største molekyle vi kender er en af DNA
strengene i det menneskelige kromosom 21q (igen en "endeløs" kæde). Jeg
kender ikke den empiriske formel, men der er 33,827,477 basepar i dette
kromosom (25,491,867 sammenhængende) og det er jo en del. Antager vi at
baseparrene er ligelidt fordelt, bliver vægten på den ene sammenhængende
streng 25,491,867 * 305.19625 Da = 7.8 GDa, hvor hæmoglobin vejer ca. 66 kDa
og altså kun ca. 1/120000 del af kromosom 21q. Tallene skal selvfølgelig
tages med et vist forbehold, men de giver dog et indtryk at molekylets
størrelse.
Her er et link til en side med nogle mineraler med lange empiriske formler.
Du skal dog huske at mineraler ikke er molekyler. Den empiriske formel for
mineraler skal ikke ses som et udtryk for hvad et "molekyle" af mineralet
består af men derimod et blandingsforhold. Tag f.eks. NaCl. Salt danner
store sammenhængende krystaller (ligesom diamant) men blandes 1:1. Du kan
altså ikke finde verdens største molekyle i mineralernes verden da de
simpelthen ikke er molekyler da deres bindinger er mere eller mindre ioniske
(diamant er et molekyle fordi bindingerne er kovalente).
Mvh
Thomas
| |
Thomas Doktor (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Thomas Doktor |
Dato : 26-03-02 17:44 |
| | |
Herluf Holdt, 3140 (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Herluf Holdt, 3140 |
Dato : 26-03-02 19:10 |
|
"Thomas Doktor" skrev:
> Nu siger du, at du ikke er interesseret i endeløse kæder, men når du er
på
> udkig efter rigtig store molekyler kommer du ikke rigtig udenom dem.
> Hæmoglobin er en polymer af aminosyrerester og som sådan blot en "endeløs"
> kæde.
Tak for dit svar, som jeg føler mig meget mere oplyst af.
Mht. hæmoglobins "endeløshed" er jeg stadig noget skeptisk. I bogen
"Biokemi" (DVF,1971) er dette molekyle gengivet som en plasticmodel (af
Perutz). Et afsluttet, kugle/ellipseformet legeme, bestående af fire
enheder, ens to og to, hvor kæderne samles omkring "jernporphyriner".
Som den "nysgerrige amatør", burde jeg måske slet ikke kigge i sådanne
bøger, men jeg er altså stærkt fascineret af disse "afsluttede,
fritsvømmende store molekyler".
(Men nu kom andre med nye benævnelser af definitionerne til - og det hele
blev endnu mere kompliceret.)
Mvh. Herluf Holdt.
| |
Thomas Doktor (26-03-2002)
| Kommentar Fra : Thomas Doktor |
Dato : 26-03-02 20:10 |
|
"Herluf Holdt, 3140" <herluf@worldonline.dk> wrote in message
news:9W2o8.2201$iY5.47751@news010.worldonline.dk...
> "Thomas Doktor" skrev:
> > Nu siger du, at du ikke er interesseret i endeløse kæder, men når du er
> på
> > udkig efter rigtig store molekyler kommer du ikke rigtig udenom dem.
> > Hæmoglobin er en polymer af aminosyrerester og som sådan blot en
"endeløs"
> > kæde.
>
> Tak for dit svar, som jeg føler mig meget mere oplyst af.
>
> Mht. hæmoglobins "endeløshed" er jeg stadig noget skeptisk. I bogen
> "Biokemi" (DVF,1971) er dette molekyle gengivet som en plasticmodel (af
> Perutz). Et afsluttet, kugle/ellipseformet legeme, bestående af fire
> enheder, ens to og to, hvor kæderne samles omkring "jernporphyriner".
> Som den "nysgerrige amatør", burde jeg måske slet ikke kigge i sådanne
> bøger, men jeg er altså stærkt fascineret af disse "afsluttede,
> fritsvømmende store molekyler".
>
> (Men nu kom andre med nye benævnelser af definitionerne til - og det hele
> blev endnu mere kompliceret.)
> Mvh. Herluf Holdt.
>
>
Det er rigtigt at konformationen af hæmoglobin er et kugle/ellipseformet
molekyle. Dette skyldes at proteinet "folder op". Du kan forstille dig en
lille sytråd som du nulrer sammen til en kugle. Så selvom den endelige form
af hæmoglobin ikke er en lang kæde så er proteinet i bund og grund en
samling af fire lange kæder + 4 hæm-grupper.
De fire subunits minder hver især meget om myoglobin, deraf kommer at
hæmoglobin er ca. 4 gange større end myoglobin.
Her er et billede af hemoglobin:
http://omlc.ogi.edu/spectra/hemoglobin/hemostruct/
Mvh
Thomas
| |
Herluf Holdt, 3140 (28-03-2002)
| Kommentar Fra : Herluf Holdt, 3140 |
Dato : 28-03-02 08:48 |
|
Endnu en tak til "trådens" bidragydere.
Jeg lærte at man skal spørge rigtigt.
Og lærte nogle flere definitioner på molekyler.
Og jeg fik et par gode links. Thomas gav mig et godt link om hæmoglobin.
Vil bare lige tilføje at når jeg sagde at jeg ikke "var interesseret i
endeløse kæder", var det bare for at slippe for alle de der kedelige
eksempler på plastic-møbler, som er et stort molekyle, eller nylonsnøre, som
man selv må klippe af.
Men jeg fik da ikke en større formel ud af det end den på hæmoglobin.
Det skulle måske have været DNA.
DNA er jo heller ikke "helt endeløst" ligesom en "klip-selv-af-nylonfiber".
Selvfølgelig er DNA nok et af de mest spændende store molekyler mennesket
kan interessere sig for.
Det vil jeg så som den nysgerrige amatør fortsætte med.
Med venlig hilsen
Herluf Holdt, DK-3140
--
Mit første ønske (ud af af mine ni sidste)
er at klø en nordisk los under hagen
og høre den spinde.
| |
|
|