/ Forside / Karriere / Uddannelse / Højere uddannelser / Nyhedsindlæg
Login
Glemt dit kodeord?
Brugernavn

Kodeord


Reklame
Top 10 brugere
Højere uddannelser
#NavnPoint
Nordsted1 1588
erling_l 1224
ans 1150
dova 895
gert_h 800
molokyle 661
berpox 610
creamygirl 610
3773 570
10  jomfruane 570
DNA
Fra : Rastrites


Dato : 12-02-02 18:38

Hej NG

Hvis man ikke spørger, bliver man aldrig klogere, er det ikke sådan man
siger ? :)

Anyway......her er mit spørgsmål;

DNA er opbygget af et helix med en sukker - phosphat "backbone" og baser der
er bundet sammen, hvor adenin (A) og thymin (T) bindes sammen (2
hydrogenbindinger) og cytosin (C) og guanin (G) bindes sammen (3
hydrogenbindinger).

Er der nogen der ved hvorfor det netop er disse baser der bindes sammen og
ikke nogen andre ? *sidder lige og læser om DNA og er nysgerrig*

På forhånd tak !

/Rastrites :)



 
 
Martin Ehmsen (12-02-2002)
Kommentar
Fra : Martin Ehmsen


Dato : 12-02-02 19:24

Rastrites wrote:

> Hej NG
>
> Hvis man ikke spørger, bliver man aldrig klogere, er det ikke sådan
> man siger ? :)
>
> Anyway......her er mit spørgsmål;
>
> DNA er opbygget af et helix med en sukker - phosphat "backbone" og
> baser der er bundet sammen, hvor adenin (A) og thymin (T) bindes
> sammen (2 hydrogenbindinger) og cytosin (C) og guanin (G) bindes
> sammen (3 hydrogenbindinger).
>
> Er der nogen der ved hvorfor det netop er disse baser der bindes
> sammen og ikke nogen andre ? *sidder lige og læser om DNA og er
> nysgerrig*

Jeg læste på et tidspunkt at man havde forsøgt kunstigt (altså i
laboratorier) at benytte andre former for opbygning af DNA. Men det
viste sig at den måde som DNA rigtigt er opbygget på, er meget
modstandsdygtigt overfor fejl, af næsten alle slags.
Så det kan være en måde at forklare hvorfor naturen "har valgt" netop
den sammensætning, vha. naturlig selektion.

Martin Ehmsen

Rastrites (12-02-2002)
Kommentar
Fra : Rastrites


Dato : 12-02-02 20:07

okay.

/ras :)
"Martin Ehmsen" <thames@get2net.dk> wrote in message
news:a4bmg7$520$1@sunsite.dk...
> Rastrites wrote:
>
> > Hej NG
> >
> > Hvis man ikke spørger, bliver man aldrig klogere, er det ikke sådan
> > man siger ? :)
> >
> > Anyway......her er mit spørgsmål;
> >
> > DNA er opbygget af et helix med en sukker - phosphat "backbone" og
> > baser der er bundet sammen, hvor adenin (A) og thymin (T) bindes
> > sammen (2 hydrogenbindinger) og cytosin (C) og guanin (G) bindes
> > sammen (3 hydrogenbindinger).
> >
> > Er der nogen der ved hvorfor det netop er disse baser der bindes
> > sammen og ikke nogen andre ? *sidder lige og læser om DNA og er
> > nysgerrig*
>
> Jeg læste på et tidspunkt at man havde forsøgt kunstigt (altså i
> laboratorier) at benytte andre former for opbygning af DNA. Men det
> viste sig at den måde som DNA rigtigt er opbygget på, er meget
> modstandsdygtigt overfor fejl, af næsten alle slags.
> Så det kan være en måde at forklare hvorfor naturen "har valgt" netop
> den sammensætning, vha. naturlig selektion.
>
> Martin Ehmsen



Carsten Svaneborg (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 13-02-02 11:13

Martin Ehmsen wrote:
> Jeg læste på et tidspunkt at man havde forsøgt kunstigt (altså i
> laboratorier) at benytte andre former for opbygning af DNA.

Der er nogen på ODF på Risø der har rodet med at lave DNA type
molekyler men hvor sukker backbone var erstattet med en eller
anden type polymer molekyle. Jeg kan dog ikke huske hvorfor de
gjorde det.

> Men det viste sig at den måde som DNA rigtigt er opbygget på,
> er meget modstandsdygtigt overfor fejl, af næsten alle slags.
> Så det kan være en måde at forklare hvorfor naturen "har
> valgt" netop den sammensætning, vha. naturlig selektion.
Men hvis det er for modstandsdygtigt så sker der heller ikke
nogen evolution.

--
Mvh. Carsten Svaneborg

Martin Højriis Krist~ (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Martin Højriis Krist~


Dato : 13-02-02 12:24

"Carsten Svaneborg" <See_organization@for_email.in.de> skrev i en
meddelelse news:o7ed4a.vo.ln@zqex.mpip-mainz.mpg.de...
> Men hvis det er for modstandsdygtigt så sker der heller ikke
> nogen evolution.

Mekanisk modstandsdygtigt og modstandsdygtighed overfor fejl er ikke det
samme.

--
Martin Højriis Kristensen - http://www.makr.dk/?usenet
Jeg repræsenterer med dette indlæg mig selv og ikke TDC Internet



Jeppe Stig Nielsen (12-02-2002)
Kommentar
Fra : Jeppe Stig Nielsen


Dato : 12-02-02 22:01

Rastrites wrote:
>
> Hej NG
>
> Hvis man ikke spørger, bliver man aldrig klogere, er det ikke sådan man
> siger ? :)
>
> Anyway......her er mit spørgsmål;
>
> DNA er opbygget af et helix med en sukker - phosphat "backbone" og baser der
> er bundet sammen, hvor adenin (A) og thymin (T) bindes sammen (2
> hydrogenbindinger) og cytosin (C) og guanin (G) bindes sammen (3
> hydrogenbindinger).
>
> Er der nogen der ved hvorfor det netop er disse baser der bindes sammen og
> ikke nogen andre ? *sidder lige og læser om DNA og er nysgerrig*

Altså, hvis du mener hvorfor det netop er disse fire baser der bruges,
og ikke fire helt andre, så er det nok lidt svært at svare på.

Men læg mærke til at i RNA bruges basen uracil (kaldet U) i stedet
for basen thymin (T) som findes i DNA. Men U i RNA indeholder præcis
den samme »information« som T gør i DNA.

Spørger du derimod hvorfor A kun kobler til T (og ikke til C eller G
eller A selv) i hvert af »trinnene« i den snoede stige, så ligger
svaret i den molekylstruktur de enkelte baser har. Det er hydrogen-
bindinger der holder baserne i parret (A-T eller C-G) sammen; og
basernes rumlige opbygning gør at det kun er disse to par-typer der
kan hænge ordentligt sammen.

Hvis man derfor kender baserne på den ene side af stigen, kan man
regne sig frem til baserne på den anden side. Der er fire muligheder:

A: så må dén overfor være T
T: så må dén overfor være A
C: så må dén overfor være G
G: så må dén overfor være C

Da der er fire muligheder, svarer hvert basepar til et informations-
indhold på 2 bit. Baseparrene hører sammen i grupper (codons) på 3 par,
så »ordlængden« svarer til 6 bit.

--
Jeppe Stig Nielsen <URL:http://jeppesn.dk/>. «

"Je n'ai pas eu besoin de cette hypothèse (I had no need of that
hypothesis)" --- Laplace (1749-1827)

Carsten Svaneborg (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 13-02-02 11:19

Jeppe Stig Nielsen wrote:
> Da der er fire muligheder, svarer hvert basepar til et informations-
> indhold på 2 bit. Baseparrene hører sammen i grupper (codons) på 3 par,
> så »ordlængden« svarer til 6 bit.

Men fordi der er ca. 20 aminosyrer, så bærer et codon log2(20) bits,
dvs. ca. 4.3 bits af information, fordi den sidste aminosyre i codon'et
ikke bærer fulde 2 bits relativt til aminosyren codonet repræsentere.

Det interessante er dog hvor mange af disse bits overlever til de
proteiner DNA'et koder for. Hvor mange bits det ville kræve at
definere proteinernes konformation. Og hvor mange bits der bruges
i maskineriet der kontrollere transkription og translation af DNA,
således at gener ikke udtrykkes på må og få.

--
Mvh. Carsten Svaneborg

Simon Foldager (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Simon Foldager


Dato : 13-02-02 21:27


"Carsten Svaneborg" <See_organization@for_email.in.de> skrev i en meddelelse
news:3jed4a.up.ln@zqex.mpip-mainz.mpg.de...
> Jeppe Stig Nielsen wrote:
> > Da der er fire muligheder, svarer hvert basepar til et informations-
> > indhold på 2 bit. Baseparrene hører sammen i grupper (codons) på 3 par,
> > så »ordlængden« svarer til 6 bit.


> Men fordi der er ca. 20 aminosyrer, så bærer et codon log2(20) bits,
> dvs. ca. 4.3 bits af information, fordi den sidste aminosyre i codon'et
> ikke bærer fulde 2 bits relativt til aminosyren codonet repræsentere.

At hvert codon bærer 4,3 bits information er en meget alternativ teori efter
min mening, men derfor skal de tre stop codons ikke glemmes. Desuden tror
jeg ikke at regnestykket holder da antallet af codons der koder for de
forskellige aminosyrer ikke er ens (1-6). Jeg går ud fra at det er en skrive
fejl at du skriver den sidste aminosyre og ikke base.

> Det interessante er dog hvor mange af disse bits overlever til de
> proteiner DNA'et koder for. Hvor mange bits det ville kræve at
> definere proteinernes konformation. Og hvor mange bits der bruges
> i maskineriet der kontrollere transkription og translation af DNA,
> således at gener ikke udtrykkes på må og få.

Ikke at forglemme den store mængde DNA der udgør introns, som er
størstedelen af DNAet ved de fleste eucaryoter. Med konformation mener du
vel primær struktur og ikke tertiær (som jeg ville forstå konformation)?

Mvh.

Simon



Carsten Svaneborg (14-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 14-02-02 14:01

Simon Foldager wrote:
>> Men fordi der er ca. 20 aminosyrer, så bærer et codon log2(20) bits,
>> dvs. ca. 4.3 bits af information, fordi den sidste aminosyre i codon'et
>> ikke bærer fulde 2 bits relativt til aminosyren codonet repræsentere.
> At hvert codon bærer 4,3 bits information er en meget alternativ teori
> efter min mening, men derfor skal de tre stop codons ikke glemmes.

Det er korrekt, alle aminosyrer bruges formodeligt ikke lige ofte
i kroppen så forskellige codons/ord bærer ikke lige meget information.
Så tallet 4.3 er en øvre grænse.

> Desuden tror jeg ikke at regnestykket holder da antallet af codons
> der koder for de forskellige aminosyrer ikke er ens (1-6).

Tallet på 4.3 (- effekter pga. hyppighed) er informationen efter
codon er lavet om til protein. Dvs. en eller anden form for relativ
information, der overlever translationen fra mRNA til protein.

Det er ligesom i en tekst, man kan opfatte den som bestående
af bogstaver eller ord. Informationen der skal til at sende
et budskabet er det samme, uafh. hvad for symboler vi tolker
det som bestående af (så længe det er langt nok), men
informationen vi får ved at læse budskabet er ikke det samme.

Fx. ville jeg forvente at e'er i 'er' ville bære mindre
læser-information end e'er i fx. Etiopien eller episkopalepidemi.
Fordi disse e'er er med til at specificere et meget specfifikt
begreb, mens e'er i ord som 'er' essentielt er fyld.

> Jeg går ud fra at det er en
> skrive fejl at du skriver den sidste aminosyre og ikke base.
Yeps. Ged.

>> Det interessante er dog hvor mange af disse bits overlever til de
>> proteiner DNA'et koder for. Hvor mange bits det ville kræve at
>> definere proteinernes konformation. Og hvor mange bits der bruges
>> i maskineriet der kontrollere transkription og translation af DNA,
>> således at gener ikke udtrykkes på må og få.
> Ikke at forglemme den store mængde DNA der udgør introns, som er
> størstedelen af DNAet ved de fleste eucaryoter.

Yeps, men selvom disse ikke bruges i proteiner kan deres eksistens
have en effekt på kontrol og udtryk af gener, så indirekte biddrager
de med en 'meta' information omkring genet.

> Med konformation mener du vel primær struktur og ikke
> tertiær (som jeg ville forstå konformation)?

Jeg ved ikke hvad jeg mener!
Det er derfor jeg gerne ville finde ud af det! ;*)

Istedet for at tænke på cellen som et (uhyre komplekst) biokemisk
maskineri, så ville jeg gerne tænke på den som en form for Markov
maskine, hvor man har en række states med transitioner mellem states,
dvs. et kemisk netværk (med effekter udfra og støj), man kan så med
Markov og graf teori sætte sig ned og udregne informationsstrømme
i dette netværk.

En interssant ting ville så være entropi produktion og eksport,
stabilitet for eksterne pertubationer, effekten af tilfældigheder
på netværkets dynamik og meget andet.

Dvs. en dejlig grov fysisk model som man kunne undersøge
med informationsteori og statistisk fysik som angrebsvinkel på
naturen af de processer der er involveret i levende celler, uden
at skulle bekymre sig for meget om alle de forfærdelige komplekse
biokemiske processer man forsøger at beskrive.

Dvs. noget lidt mere avanceret end Stuart Kauffman's binære netværk.
som forsøger at modellere celler.

--
Mvh. Carsten Svaneborg

Lau Sennels (14-02-2002)
Kommentar
Fra : Lau Sennels


Dato : 14-02-02 18:01

Carsten Svaneborg wrote:

> Det er ligesom i en tekst, man kan opfatte den som bestående
> af bogstaver eller ord. Informationen der skal til at sende
> et budskabet er det samme, uafh. hvad for symboler vi tolker
> det som bestående af (så længe det er langt nok), men
> informationen vi får ved at læse budskabet er ikke det samme.

Problemet er at det er den "kontekstuelle informationsmængde"
der generelt er det interessante i biologisk sammenhæng.

>>Ikke at forglemme den store mængde DNA der udgør introns, som er
>>størstedelen af DNAet ved de fleste eucaryoter.

> Yeps, men selvom disse ikke bruges i proteiner kan deres eksistens
> have en effekt på kontrol og udtryk af gener, så indirekte biddrager
> de med en 'meta' information omkring genet.

Hvad er et gen?


> Jeg ved ikke hvad jeg mener!
> Det er derfor jeg gerne ville finde ud af det! ;*)


Primær-struktur er den lineære sekvens af aminosyrer f.eks:

....FDTAVKLYRPWEQLKMC...

Sekundær-struktur er den lokale foldning, baseret på primær-sekvensen
(og kontekst):

......FDTAVKL YRPWEQ LKMC........
alpha-helix | turn | alpha-helix


> Istedet for at tænke på cellen som et (uhyre komplekst) biokemisk
> maskineri, så ville jeg gerne tænke på den som en form for Markov
> maskine, hvor man har en række states med transitioner mellem states,
> dvs. et kemisk netværk (med effekter udfra og støj), man kan så med
> Markov og graf teori sætte sig ned og udregne informationsstrømme
> i dette netværk.


Det er der flere der gerne vil. Jeg besøgte sidste år Santa Fe
Instittutet i New Mexico, hvor folk som Kaufmann (som du nævner),
Stadtler og Wagner er tilknyttet. De arbejde med den type problem-
stillinger i forskellige afskygninger. "Problemet" er at deres
tilgang primært er fysisk/matematisk.


> Dvs. en dejlig grov fysisk model som man kunne undersøge
> med informationsteori og statistisk fysik som angrebsvinkel på
> naturen af de processer der er involveret i levende celler, uden
> at skulle bekymre sig for meget om alle de forfærdelige komplekse
> biokemiske processer man forsøger at beskrive.

For at kunne lave den type modeller er man nødt til at have et meget
stort eksperimentelt datasæt at modellere og senere fodre sit
netværk med. De fleste der arbejder med den type modellering kommer
fra en fysikerbaggrund og har hverken stor biologisk detail-viden
eller eksperimentel erfaring. Deres modeller har høj coarse-graining,
og er ikke baseret på eksperimentelle data. Hvis de er, er det typisk
datasæt fra eksperimenter som ikke er designet specifikt til formålet.
Det betyder ikke ar det de laver ikke kan bruges, men blot at det er
vanskeligt at overføre på biologiske systemer, fordi den eksperimentelle
basis og verfikation mangler.
Omvendt må man sige at der blandt "biologerne" er en vis konservativ
skepsis mht. konceptet at benytte interaktionsnætværk til forstå
dynamikken i cellulær regulation og andre overordnede processer. Det
handler om den traditionelle fagkløft mellem biologien og fysikken,
som efter min mening er meget uheldig. Den handler også om forgangne
fejltagelser indenfor "computational biology". Endelig eksisterer
de eksperimentelle teknikker til at indsamle de nødvendige data, på
stor skala knapt nok endnu (det arbejdes der på!!). Jeg tror det
mest frugtbare er et tæt samarbejde mellem de to grupper. Mange af
de teoretiske problemstillinger er kendt af fysikerne, mens
"biologerne" har detail-viden om systemet som /er nødvendig/, samt
eksperimentelle data.

Emnet er efterhånden ved at blive mainstream, i takt med at functional
genomics og proteomics bliver mere og mere udbredt og udviklet. Se blot
Nature fra 2001.

Et område hvor man er længere fremme i integrationen, er analyse af
ekspressionsdata fra micro-arrays. Her arbejder man typisk med meget
store datamængder og ekspressions-mønstre hvor en masse information går
tabt ved gængs clustering-analyse, fordi man i virkeligheden er mere
interesseret i ekspressions-dynamik end egentlige ekspresiions-niveuaer.
Samtidig ser man på regulationen gennem en maske, hvor en stor del af
kausaliteten i møsnter/dynamik er ukendt fordi den foregår på andre
niveauer end RNA-niveuet.

Mvh
Lau Sennels


Carsten Svaneborg (14-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 14-02-02 21:10

Lau Sennels wrote:
>> Yeps, men selvom disse ikke bruges i proteiner kan deres eksistens
>> have en effekt på kontrol og udtryk af gener, så indirekte biddrager
>> de med en 'meta' information omkring genet.
> Hvad er et gen?

Stump DNA der koder for protein?? (+/- biologiske komplikationer)

Aner det ikke, det er langt tid siden jeg har læst noget om emnet.
For en 4 år siden læste jeg Recombinant DNA af J.D. Watson et al
og Gene cloning an introduction af T. Brown, jeg er desværre ikke
arbejdsløs længrer så min litteraturvalg er påvirket deraf.

> Det er der flere der gerne vil. Jeg besøgte sidste år Santa Fe
> Instittutet i New Mexico, hvor folk som Kaufmann (som du nævner),
> Stadtler og Wagner er tilknyttet. De arbejde med den type problem-
> stillinger i forskellige afskygninger. "Problemet" er at deres
> tilgang primært er fysisk/matematisk.

Er der nok biokemisk viden til at kortlægge en god del af de
biokemiske netværk, således at den fysiske simulation sker
med et netværk hvis topologiske egenskaber minder om virkelige
biokemiske netværk?

Selv hvis man måler fx. koncentrationen af ti stoffer i cellen
som funktion af tiden har man formodeligt ikke meget at komme
med som input til netværket.

> Det betyder ikke ar det de laver ikke kan bruges, men blot at det er
> vanskeligt at overføre på biologiske systemer, fordi den eksperimentelle
> basis og verfikation mangler.

Det er jo et typisk problem, også generelt fordi eksperimentelle
data jo altid er forurenet med uskønne uidealiseringer, som teorien
ikke har løst til at inkludere, fordi så bliver den uberegnelig kompleks.
Men måske kan det give ideer til at måle interessante ting,
eller analysemetoder af eksperimentelle data, fx. den
informationsteoretiske synsvinkel som jeg syntes er interessant.

> Omvendt må man sige at der blandt "biologerne" er en vis konservativ
> skepsis mht. konceptet at benytte interaktionsnetværk til forstå
> dynamikken i cellulær regulation og andre overordnede processer.
Det lyder ellers som en ret logisk angrabsvinkel, men nu står jeg
nok også på den anden side af kløften. ;*)

> Mange af de teoretiske problemstillinger er kendt af fysikerne,
> mens "biologerne" har detail-viden om systemet som /er nødvendig/,
> samt eksperimentelle data.
Yeps.

> Emnet er efterhånden ved at blive mainstream, i takt med at functional
> genomics og proteomics bliver mere og mere udbredt og udviklet. Se blot
> Nature fra 2001.

Jeg læser sjældent Nature, for meget biologi for lidt fysik. ;*)
Og fysik artiklerne er typisk ulæselige pga. kortheden med mindre
man kender baggrunden for artiklen.

--
Mvh. Carsten Svaneborg
Hvilke softwarepatenter har du krænket idag?
Se http://www.softwarepatenter.dk

Simon Foldager (18-02-2002)
Kommentar
Fra : Simon Foldager


Dato : 18-02-02 22:00


> > Ikke at forglemme den store mængde DNA der udgør introns, som er
> > størstedelen af DNAet ved de fleste eucaryoter.
>
> Yeps, men selvom disse ikke bruges i proteiner kan deres eksistens
> have en effekt på kontrol og udtryk af gener, så indirekte biddrager
> de med en 'meta' information omkring genet.

Indtrons har ingen regulatorisk funktion. Men det kan brugen af forskellige
kodons og for den sags skyld aminosyrer have. Derudover er der selvfølgelig
regulering med promotor- og inhiberingssite mm.

> > Med konformation mener du vel primær struktur og ikke
> > tertiær (som jeg ville forstå konformation)?
>
> Jeg ved ikke hvad jeg mener!
> Det er derfor jeg gerne ville finde ud af det! ;*)

Det er let nok. Det starter med den primære og bliver mere og mere
komplekst:


Primær: Sekvensen
Sekundær: Lokale foldningskarakteristika som f.eks. alfa-helix og beta-sheet
Tertiær: Den rummelige struktur af hele strengen, dvs konformationen.
Kvartinær: Flere proteiner der danner et kompleks som er nødvendig for deres
aktivitet


Det fysisk matematisk vil hjeg overlade til dem der har forstand på det, jeg
foretrækker den biologisk/kemiske model
Jeg tror at det er for kompleks til at der umiddelbart kan opsættes en god
brugbar moddel.

Mvh.

Simon




Christian Kelstrup (20-02-2002)
Kommentar
Fra : Christian Kelstrup


Dato : 20-02-02 21:23

Simon Foldager wrote:

>
>> > Ikke at forglemme den store mængde DNA der udgør introns, som er
>> > størstedelen af DNAet ved de fleste eucaryoter.
>>
>> Yeps, men selvom disse ikke bruges i proteiner kan deres eksistens
>> have en effekt på kontrol og udtryk af gener, så indirekte
>> biddrager de med en 'meta' information omkring genet.
>
>Indtrons har ingen regulatorisk funktion. Men det kan brugen af
>forskellige kodons og for den sags skyld aminosyrer have. Derudover
>er der selvfølgelig regulering med promotor- og inhiberingssite mm.

Hvilken funktion har introns så? Definitionen på et intron er så vidt
jeg ved at det ikke koder for noget (eller rettere - det bliver ikke
udtrykt). Introns kan så vidt jeg ved danne stem-loops og derved
regulere hvilke gener der (ikke) bliver udtrykt - er det ikke en
regulatorisk funktion?

Christian

Simon Foldager (21-02-2002)
Kommentar
Fra : Simon Foldager


Dato : 21-02-02 01:04


"Christian Kelstrup" <ckelstrup@get2netDOTdk> skrev i en meddelelse
news:Xns91BBD993A1979cdk@193.88.15.213...

> >Indtrons har ingen regulatorisk funktion. Men det kan brugen af
> >forskellige kodons og for den sags skyld aminosyrer have. Derudover
> >er der selvfølgelig regulering med promotor- og inhiberingssite mm.
>
> Hvilken funktion har introns så?

Introns har den evolutionære funktion at det gør proteinsyntesen mere
alsidig, da det samme primære transkript kan kode for vidt forskellige
proteiner alt efter cellens type ved at fjerne forskellige introns. Denne
funktion menes at have haft stor betydning i de tidlige evolutionære
stadier, da det betyder at der kan udvikles nye proteiner udfra eksisterende
DNA. Dette har betydet en betragtelig forøgelse af den hastighed hvormed
evolutionen har kunne foregå.

> Definitionen på et intron er så vidt
> jeg ved at det ikke koder for noget (eller rettere - det bliver ikke
> udtrykt).

Det er korrekt at definitionen på introns er at det ikke koder for noget.
Dermed ikke sagt at alt der ikke koder for noget er introns En mere
nøjagtig beskrivelse vil være at definere introns som det DNA der bliver
transskriberet til RNA men under RNA-splejsningen (jeg ved ikke om det er
det danske navn!) til mRNA bliver fjernet og derved ikke bliver
translateret. Hvilket selvfølgelig medføre at det ikke koder for noget.

>Introns kan så vidt jeg ved danne stem-loops og derved
> regulere hvilke gener der (ikke) bliver udtrykt - er det ikke en
> regulatorisk funktion?

Jeg må have sovet i timen da stem-loops blev gennemgået, jeg kan ikke huske
at have hørt om dem, men hvis introns danner disse og de regulere
transskriptionen så har det en regulerende funktion. Kan du ikke lige
beskrive stemloops eller give en kilde da jeg er helt blank.

Mvh

Simon



Carsten Svaneborg (21-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 21-02-02 18:15

Simon Foldager wrote:
> Dermed ikke sagt at alt der ikke koder for noget er introns En mere
> nøjagtig beskrivelse vil være at definere introns som det DNA der bliver
> transskriberet til RNA men under RNA-splejsningen (jeg ved ikke om det er
> det danske navn!) til mRNA bliver fjernet og derved ikke bliver
> translateret. Hvilket selvfølgelig medføre at det ikke koder for noget.

Er der introns involveret i riboZYmer?

--
Mvh. Carsten Svaneborg
Hvilke softwarepatenter har du krænket idag?
Se http://www.softwarepatenter.dk

Christian Kelstrup (23-02-2002)
Kommentar
Fra : Christian Kelstrup


Dato : 23-02-02 18:05

Simon Foldager wrote:

>> Hvilken funktion har introns så?
>
>Introns har den evolutionære funktion at det gør proteinsyntesen
>mere alsidig, da det samme primære transkript kan kode for vidt
>forskellige proteiner alt efter cellens type ved at fjerne
>forskellige introns. Denne funktion menes at have haft stor
>betydning i de tidlige evolutionære stadier, da det betyder at der
>kan udvikles nye proteiner udfra eksisterende DNA. Dette har betydet
>en betragtelig forøgelse af den hastighed hvormed evolutionen har
>kunne foregå.

Det er vist kun en teori blandt flere
Den kan fx ikke forklare hvorfor (så vidt jeg kan se):
- Many eukaryotic genes do not function correctly without their
introns.
- bacteria have few introns and yet manage to evolve very well!
<http://makeashorterlink.com/?B2863637>

Og sikkert mange flere ting. Jeg kender ikke specielt meget til introns
og det virker som om det er et område hvor der forskes ret meget.

[...]
>>Introns kan så vidt jeg ved danne stem-loops og derved
>> regulere hvilke gener der (ikke) bliver udtrykt - er det ikke en
>> regulatorisk funktion?
>
>Jeg må have sovet i timen da stem-loops blev gennemgået, jeg kan
>ikke huske at have hørt om dem, men hvis introns danner disse og de
>regulere transskriptionen så har det en regulerende funktion. Kan du
>ikke lige beskrive stemloops eller give en kilde da jeg er helt
>blank.

Ok - lidt søgning med google gav bl.a. følgende:
Although the genetic code is degenerate (more than one codon per amino
acid so that there is some flexibility as to which base occupies a
particular position), there is still room for conflict between the
"desires" of a sequence to encode both a protein (or non-messenger RNA)
and stem-loop potential. [...]
So the stem-loop role is left to the introns.
<http://post.queensu.ca/~forsdyke/introns.htm>

There are many different regulatory and other functions utilising
intron derived DNA or RNA already characterised.
<http://www.introns.com/irnas.html>

Iøvrigt er der ret mange interessante informationer at hente på
<http://www.introns.com>

Christian

Christian Kelstrup (23-02-2002)
Kommentar
Fra : Christian Kelstrup


Dato : 23-02-02 18:14

Christian Kelstrup wrote:

>Simon Foldager wrote:
>
>>> Hvilken funktion har introns så?
>>
>>Introns har den evolutionære funktion at det gør proteinsyntesen
>>mere alsidig, da det samme primære transkript kan kode for vidt
>>forskellige proteiner alt efter cellens type ved at fjerne
>>forskellige introns. Denne funktion menes at have haft stor
>>betydning i de tidlige evolutionære stadier, da det betyder at der
>>kan udvikles nye proteiner udfra eksisterende DNA. Dette har
>>betydet en betragtelig forøgelse af den hastighed hvormed
>>evolutionen har kunne foregå.
>
>Det er vist kun en teori blandt flere

Fandt lige en god artikel som jeg synes skulle med:

<http://www.rae.org/introns.html>

Christian

someone (06-03-2002)
Kommentar
Fra : someone


Dato : 06-03-02 16:09

Alle ved da hvad introner er ;)

http://www.jokes2go.com/jokes/3867.html?15

Det kræver at man er lidt nørdet før end man forstår den grundlæggende
biologi ;)

TD


"Christian Kelstrup" <ckelstrup@get2netDOTdk> wrote in message
news:Xns91BEB98E4EE46cdk@193.88.15.213...
> Christian Kelstrup wrote:
>
> >Simon Foldager wrote:
> >
> >>> Hvilken funktion har introns så?
> >>
> >>Introns har den evolutionære funktion at det gør proteinsyntesen
> >>mere alsidig, da det samme primære transkript kan kode for vidt
> >>forskellige proteiner alt efter cellens type ved at fjerne
> >>forskellige introns. Denne funktion menes at have haft stor
> >>betydning i de tidlige evolutionære stadier, da det betyder at der
> >>kan udvikles nye proteiner udfra eksisterende DNA. Dette har
> >>betydet en betragtelig forøgelse af den hastighed hvormed
> >>evolutionen har kunne foregå.
> >
> >Det er vist kun en teori blandt flere
>
> Fandt lige en god artikel som jeg synes skulle med:
>
> <http://www.rae.org/introns.html>
>
> Christian



Jeppe Stig Nielsen (06-03-2002)
Kommentar
Fra : Jeppe Stig Nielsen


Dato : 06-03-02 18:16

someone wrote:
>
> Alle ved da hvad introner er ;)
>
> http://www.jokes2go.com/jokes/3867.html?15

Ja. Man bemærker at det øjensynligt er en forglemmelse at kæbe endnu
ikke er blevet udvidet efter forøgelsen af tandsættet.

Samtidig bed jeg mærke i at G-punktet er kommenteret ud »for debugging
purposes«.

--
Jeppe Stig Nielsen <URL:http://jeppesn.dk/>. «

"Je n'ai pas eu besoin de cette hypothèse (I had no need of that
hypothesis)" --- Laplace (1749-1827)

Jeppe Stig Nielsen (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Jeppe Stig Nielsen


Dato : 13-02-02 21:29

Carsten Svaneborg wrote:
>
> Jeppe Stig Nielsen wrote:
> > Da der er fire muligheder, svarer hvert basepar til et informations-
> > indhold på 2 bit. Baseparrene hører sammen i grupper (codons) på 3 par,
> > så »ordlængden« svarer til 6 bit.
>
> Men fordi der er ca. 20 aminosyrer, så bærer et codon log2(20) bits,
> dvs. ca. 4.3 bits af information, fordi den sidste aminosyre i codon'et
> ikke bærer fulde 2 bits relativt til aminosyren codonet repræsentere.

Det er rigtigt, der er en vis »redundans« dér. Som du siger, koder
mange codons for den samme aminosyre.

> Det interessante er dog hvor mange af disse bits overlever til de
> proteiner DNA'et koder for. Hvor mange bits det ville kræve at
> definere proteinernes konformation. Og hvor mange bits der bruges
> i maskineriet der kontrollere transkription og translation af DNA,
> således at gener ikke udtrykkes på må og få.

Enig igen. Meget af DNA-koden bruges slet ikke.

Alt i alt må et menneskes arveanlæg snildt kunne rummes på en cd-rom.

--
Jeppe Stig Nielsen <URL:http://jeppesn.dk/>. «

"Je n'ai pas eu besoin de cette hypothèse (I had no need of that
hypothesis)" --- Laplace (1749-1827)

Peter Knutsen (13-02-2002)
Kommentar
Fra : Peter Knutsen


Dato : 13-02-02 22:36



Jeppe Stig Nielsen wrote:

> Alt i alt må et menneskes arveanlæg snildt kunne rummes på en cd-rom.

3 milliarder basepar a' 2 bit per basepar giver 6 gigabit som er
750 megabytes. Hvis en CD-ROM rummer 650 MB (jeg menerat have hørt
om nogle der er større), så skal der ikke ret meget datakompression
til, før det kan ligge på en skive.

> --
> Jeppe Stig Nielsen <URL:http://jeppesn.dk/>. «

--
Peter Knutsen

Carsten Svaneborg (14-02-2002)
Kommentar
Fra : Carsten Svaneborg


Dato : 14-02-02 14:05

Peter Knutsen wrote:
> 3 milliarder basepar a' 2 bit per basepar giver 6 gigabit som er
> 750 megabytes. Hvis en CD-ROM rummer 650 MB (jeg menerat have hørt
> om nogle der er større), så skal der ikke ret meget datakompression
> til, før det kan ligge på en skive.

Det kunne være interessant at lave en form for fraktal komprimering
på DNA. Meget DNA må være alfa helixes og betasheets, der essentielt
gentages om og om igen.

Dvs. istedet for at gemme DNA's information så gemmer man noget
der minder om proteinernes primære/sekundære? struktur.

Jeg kan aldrig huske hvem struktur, der er hvad struktur.

--
Mvh. Carsten Svaneborg

Søg
Reklame
Statistik
Spørgsmål : 177552
Tips : 31968
Nyheder : 719565
Indlæg : 6408849
Brugere : 218887

Månedens bedste
Årets bedste
Sidste års bedste